坚持把加强党的全面领导贯穿于自贸试验区建设的全过程，牢固树立总体国家安全观，聚焦新疆工作总目标，加强抓稳定和促发展两方面工作的统筹结合，强化底线思维和风险意识，切实加强自贸试验区风险防控体系建设，完善防范化解重大风险隐患机制，维护国家安全和社会安全，牢牢守住不发生区域性系统性风险底线。坚持绿色发展，筑牢生态安全屏障，落实生态环境分区管控要求，切实维护国家生态环境安全和人民群众身体健康。

　　2018年4月，《解放军报》曾刊文称，政治安全是指国家主权、政权、政治制度、政治秩序以及意识形态等方面免受威胁、侵犯、颠覆、破坏的客观状态。

　　国务院关于在自由贸易试验区暂时调整实施有关行政法规规定的决定统一适用于中国（新疆）自由贸易试验区。自贸试验区内的综合保税区以及合作中心的实施范围和税收政策适用范围维持不变。本方案提出的各项改革政策措施，凡涉及调整现行法律或行政法规的，按规定程序办理。重大事项及时向党中央、国务院请示报告。